Le Cochonglier : éléments génétiques sur l’hybridation du Sanglier

La récente review de Fulgione & Buglione (2022) liste les principales causes de l’explosion des populations de Sangliers. Nous y retrouvons le réchauffement climatique, la modification des habitats, la régulation des prédateurs, les déplacements de faune sauvage, et enfin l’hybridation entre Suidés. Voilà donc le fameux Cochonglier cité dans les cinq grands facteurs de croissance des populations. Mais que savons nous de ces fameuses hybridations de sangliers ? Dans ce billet, je vous propose une courte revue bibliographique du sujet. Et pour commencer, parlons un peu génétique du sanglier et du cochon domestique.

cochonglier
Un cas d’hybridation présumée en raison du phénotype insolite d’un marcassin, en Angleterre. Photo : Christopher Jones / The Telegraph.

Hybridation et formule chromosomique

Le Cochon fut domestiqué à partir du Sanglier sauvage. Les deux espèces sont encore assez proches pour s’hybrider entre elles, bien que séparées par de nettes différences génétiques. La formule chromosomique du Sanglier (Sus scrofa) vaut 2n =36 soit 18 paires de chromosomes. Chez le porc domestique (Sus domesticus) elle est de 2n = 38 soit 19 paires de chromosomes. L’hybridation possible donne une formule de 1ere génération de 2n = 37 chromosomes.

La technique classique en génétique pour détecter des cochongliers ou hybrides de première génération consiste à réaliser un caryotype. C’est à dire isoler et aligner les chromosomes condensés pour les photographier puis les compter. Pas de soucis pour détecter un cochonglier de 1ere génération. Or un croisement entre deux hybrides de première génération (2n = 37) peut très bien donner des marcassins de seconde génération (2n = 36). Ce qui va dissimuler l’hybridation encore récente lors du caryotypage !

Pour traquer le cochonglier parmi les populations de Sangliers, il faut faire appel à une autre méthode. Comme par exemple déceler des introgressions génomiques. C’est à dire un flux de gènes d’une espèce vers une autre à la suite d’hybridations répétées. Afin de suivre les traces d’introgressions au sein d’une population ou d’une espèce, on peut employer des marqueurs de polymorphisme nucléotidique, ou SNP (Single Nucleotide Polymorphism) en anglais. C’est ce qu’explique l’article technique de Lorenzini et al. (2020) dans le cas des introgressions de gènes depuis le Cochon domestique vers le Sanglier. A partir de ces protocoles, il est donc possible de traquer les anciennes traces d’hybridation. La génétique nous révèle alors ces fameux cochongliers !

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Différences entre hybridation et introgression (Folk et al., 2018)

La situation Européenne et Française

Concernant les populations européennes, il existe encore assez peu d’études scrutant ces introgressions chez le Sanglier. Citons notamment la synthèse de Iacolina et al. (2008) qui tentait de dresser un tour d’horizon des hybridations récentes entre Cochons et Sangliers. Problème, l’échantillonnage de Iacolina et al. (2008) reste très limité pour la France. Avec 25 spécimens seulement, c’était fort délicat d’en tirer des conclusions définitives. L’étude de Mary et al. (2022) vient à ce titre compléter nos lacunes génétiques en France. Ce papier très attendu apporte un éclairage supplémentaire et bienvenu sur l’hybridation et l’introgression entre Sangliers et Cochons domestiques.

L’étude discute des limites du caryotypage pour la recherche d’hybrides. Or pour contourner les limites de cette technique génétique, Mary et al. (2022) proposent aussi d’utiliser des marqueurs SNP pour suivre l’introgression entre Sanglier et Cochon domestique. Grâce à cette approche, l’équipe souhaite mettre à jour les données sur le niveau d’introgression dans différentes populations françaises de Sangliers en comparant à la fois des données cytogénétiques disponibles et leurs analyses moléculaires.

Mary et al. (2022) étudient un échantillon de 362 Sangliers dans leur milieu sauvage ou d’élevage : 3,6 % d’entre eux présentent une proportion du génome d’origine « domestique » > 40 %. Pour les 349 restants, la part de génome « sauvage » varie à 83 -100 % (médiane : 94 %). Reste forcément l’épineuse question de l’origine de cette hybridation ! Et là, on appréciera la prudence de la discussion de Mary et al. (2022). Mais une hypothèse est envisagée : l’importation de Sangliers hybrides d’Europe centrale pour approvisionner certains parcs de chasse.

Cela ne règle pas la question des flux de gènes actuels entre Cochons et Sangliers. Les 3,6 % « hautement hybridés » étant probablement des hybrides récents, ayant pour la plupart une ascendance de porc domestique asiatique (Mary et al., 2022). Est-ce la preuve génétique de Cochons vietnamiens relâchés ? Car les auteurs n’apportent pas de scénario sur l’origine exact de ces « super-hybrides » ! Or Iacolina et al. (2008) pointent dans le cas de la France la responsabilité des élevages porcins en plein air. Tout comme le font Fulgione & Buglione (2022) au sujet du cochonglier. Rien n’exclut non plus l’influence de lâchers clandestins d’hybrides sur des territoires de chasse. Il reste cependant difficile d’évaluer les parts de responsabilité de chacun, faute de traçages génétiques plus spécifiques.

Quelles conclusions sur l’origine des cochongliers ?

Bref, l’origine de l’hybridation des Sangliers européens est plus complexe qu’il n’y paraît. Elle implique les anciennes hybridations suite aux élevages de Cochons en extérieur, les cas d’hybridation cynégétiques, et les échappés d’élevages amateurs ou professionnels. Pourquoi ces introgressions inquiètent tant vis à vis de l’explosion actuelle des populations ? Parce que selon Fulgione & Buglione (2022), les génotypes mixtes peuvent améliorer au final la fitness des Sangliers et créer une sélection artificielle. Or Fulgione et al. (2016) avaient discuté cet avantage sélectif chez le gène MRC1R : certaines mutations faux-sens courantes d’allèles MC1R propres au Cochon domesique augmentent la taille des portées. Or il y a corrélation entre la taille des portées de laies de Sangliers à génotypes MC1R de Cochon.

Selon l’hypothèse de Fulgione et al. (2016), L’introgression de tels allèles du gène MC1R de signature « cochon domestique » contourne la sélection naturelle. Ce pourraient être des introgressions ayant un impact sur la fertilité des Sangliers. Nous sommes dans l’idée que ces introgressions peuvent augmenter la fitness des hybrides, et donc potentiellement conférer un avantage environnemental. Si ces allèles introgressés sont conservés, ils peuvent aussi se répandre dans les populations au fil des générations. Vous connaissez la musique ; « Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution » comme nous le disait ce cher Theodosius Dobzhansky. Et pour le cochonglier, la citation s’applique aussi.

Cependant les travaux de Fulgione et al. (2016) nécessitent également plus d’approfondissements sur l’hypothèse discutée par les auteurs et reliant ces variantes alléliques du gène MC1R à la fertilité des Sangliers. Or si ces introgressions au niveau génotypique aboutissent à une causalité sur la fertilité, il va de soit que nous tiendrons un argument fort dans ce débat. Le reste étant une question de « bombe darwinienne ». Je suis toujours preneur de publications sur de tels QTL. En conclusion, l’hybridation et les introgressions entre Cochons et Sangliers fait partie des cinq « hots topics » actuels permettant d’expliquer l’explosion des populations de Suidés.

Mais pour autant, elle ne peut être considérée comme seul facteur responsable. Loin de là. De même, l’origine de ces hybridations est trop multifactorielle pour incriminer une seule origine. Que leur origine soit reliée à l’élevage porcin ou à des pratiques cynégétiques passées, voire les deux, la seule certitude demeure l’existence irréfutable de cochongliers au sein des populations sauvages. Pour autant, j’espère avoir pu vous proposer au cours de ce billet un aperçu digeste et utile de la question du cochonglier et des recherches actuellement menées sur ces introgressions tant au niveau génotypique que phénotypique.

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